Cette zone, particulièrement vaste, a été décomposée en quatre secteurs possédant chacun des caractéristiques propres. Dans le secteur Nord-Ouest, les grandes plaines sédimentaires du lagon présentent des biomasses importantes de requins de récif, de mères-loches, de loches castex géantes et de raies manta. Le secteur abrite aussi sept espèces de serpents marins et contient 75 % des îlots de la province Nord, sur lesquels nichent la plupart des oiseaux marins de la région.
Le secteur Nord-Est accueille des rassemblements de dugongs et plusieurs sites de ponte de la tortue verte. Les mangroves d’estuaire denses et étendues contiennent presque toutes les espèces de palétuviers de l’archipel et les vastes herbiers sont autant de nurseries pour certaines familles de poissons (Gerreidae, Lethrinidae, Lutjanidae).
Le secteur Est, remarquable pour ses deux récifs barrières au niveau de Hienghène, est bordé, entre Ouégoa et Pouébo, par 1 200 ha de marais à mangrove frontale. Les pentes externes de ce secteur, qui présentent des coraux de grande taille, sont en très bon état de conservation. Durant l’hiver austral, des baleines à bosse viennent se réfugier dans la zone, qui est également un lieu de ponte pour les tortues « Grosse Tête ».
Enfin, le secteur Sud-Est est l’un des plus riches de Nouvelle-Calédonie en matière de biodiversité marine. Là, quelques espèces rares ailleurs (murènes ruban, rascasses Merlet, perroquets à bosse) sont quasi emblématiques. Le secteur sert encore de nurserie pour les baleines à bosse et il n’est pas rare que des cachalots, en migration vers le nord, frôlent, entre septembre et octobre, les récifs du large.
